Programul de studii Arheologie la Facultatea de Istorie și Filosofie a fost introdus în anul 1999 ca specializare de sine stătătoare, având ca scop dezvoltarea învățământului de specialitate centrat pe competențe. Dată fiind nevoia expresă a formării de specialiști arheologi, din specializarea mai generală Istorie Antică și Arheologie a fost creat un program destinat celor care care vor să practice meserii care implică cercetarea patrimoniului arheologic în muzee, institute de cercetare, instituții de învățământ superior, instituții publice (primării, direcții județene de patrimoniu) sau entități non-guvernamentale sau private.

Tradiția școlii de istorie antică și arheologie clujene a fost păstrată prin cursurile formatoare de epigrafie, numismatică, istoria artei antice, cursuri generale de istorie socială și culturală a lumii antice. Pe lângă acestea în programul de studii au fost adăugate cursuri care privesc diverse domenii ale cercetării arheologice aplicate (din preistorie, epoca Latène, epoca romană provincială, epoca migrațiilor, arheologie medievală), activități practice (seminarii de cercetare) și cursuri care abordează noile dezvoltări ale tehnicilor de cercetare arheologică sau legislația națională referitoare la patrimoniu.

Practica de teren pe șantiere prestigioase cum sunt cele de la Sarmizegetusa Regia, Ulpia Traiana Sarmizegetusa, Potaissa, Vărădia, Carei-Bobald, Călugăreni, girate de membrii Departamentului de Istorie Antică și Arheologie și de colegii arheologi din Departamentul de Istorie în limba maghiară, facilitează contactul direct cu vestigiile și învățarea tehnicilor de cercetare arheologică.